Das Haus der Europäischen Geschichte wurde ursprünglich im Jahr 2007 vom damaligen Präsidenten des Europäischen Parlaments Hans-Gert Pöttering vorgeschlagen. Die Begründung für das Projekt war klar: Die Generation der Menschen, die die Tragödien des 20. Jahrhunderts erlebt und die Europäische Union aufgebaut hatten, war dabei zu verschwinden. Die Errungenschaften der europäischen Integration wurden zunehmend in Frage gestellt, und die Geschichte der europäischen Integration wurde noch in keinem Museum erläutert.

Das Museum sollte also ein Ort sein, an dem die "europäische Idee" wachsen konnte, an dem das Verständnis für die europäische Geschichte in ihrer ganzen Komplexität gefördert, der Austausch von Ideen angeregt und Annahmen in Frage gestellt werden konnten. Die Ausstellungen sollten die gemeinsamen Werte der europäischen Einigung zeigen: Menschenwürde, Freiheit, Demokratie, Rechtsstaatlichkeit. Mit anderen Worten, sie würde zeigen, was die Europäer erreichen können, wenn sie zusammenarbeiten und soziale, wirtschaftliche und politische Umwälzungen auf dem Weg zu einem friedlichen Zusammenleben überwinden.

Um dies zu verwirklichen, wurde 2011 ein multidisziplinäres Team aus Kuratoren, Pädagogen und Museologen zusammengestellt, zusammen mit zwei beratenden Gremien, einem akademischen Ausschuss und einem Stiftungsrat, mit finanzieller Unterstützung des Europäischen Parlaments und der Europäischen Kommission. Das Konzept des Teams bestand darin, die Ereignisse in Europa durch eine paneuropäische Linse zu zeigen und den Kontinent aus der "Helikopterperspektive" zu betrachten, anstatt eine Summe nationaler Geschichten zu präsentieren. Bei der Auswahl der Inhalte wurden nur Prozesse berücksichtigt, die ursprünglich europäisch waren, sich auf mehrere europäische Länder ausbreiteten und auch heute noch relevant sind.Bedeutend war, dass das Team einen unparteiischen, wissenschaftlich unabhängigen Blick auf die europäische Geschichte werfen sollte, unter Verwendung verschiedener Quellen, Stimmen und Erzählungen, und sicherstellen sollte, dass das Museum in 24 europäischen Sprachen erlebbar ist - keine kleine Leistung! Als Veranstaltungsort wurde eine ehemalige Kinderzahnklinik in Brüssel, Belgien, gewählt. Das Gebäude wurde zuerst vom Erfinder der Kodak-Kamera und Philanthropen George Eastman finanziert.

Die Dauerausstellung beginnt mit den Ursprüngen und der Entstehung des Kontinents, geht über zu den politischen und wirtschaftlichen Veränderungen des 19. Jahrhunderts, den Verwüstungen der Weltkriege und dem Wiederaufbau- und Integrationsprozess des letzten halben Jahrhunderts. Der Gedanke der 'Erinnerung' zieht sich durch die Ausstellung: Welche historischen Erfahrungen verbinden die verschiedenen Nationen in der europäischen Geschichte? Sollten sich die Menschen an tragische Ereignisse erinnern, um eine Wiederholung zu vermeiden, oder sind sie verpflichtet zu vergessen, um weiterleben zu können? Die Idee war, dass gemeinsame historische Ereignisse oft zu unterschiedlichen Erfahrungen und unterschiedlichen Arten der Erinnerung an denselben historischen Prozess geführt haben.

Die Dauerausstellung wurde mit über 1500 Objekten, Dokumenten und audiovisuellem Material aus über 300 Museen und Sammlungen aus ganz Europa und der Welt zum Leben erweckt. Jedes dieser Objekte ist ein Stück europäischer Geschichte, ein Splitter oder ein Symbol unserer kollektiven Erinnerung, des Kompromisses vieler Europäer vor uns. Diese Artefakte und ihre Hintergründe ermöglichen es uns, darüber nachzudenken, wer wir heute sind. Das Museum wurde am "Europatag", dem 9. Mai 2017, eröffnet.